HACCPは、危害要因を重点的に監視すること、そして最終的な加工品や料理などが安全であることを確認するための仕組みであり、危害要因は食品安全ハザードと呼ぶもので食品の中で存在していると健康被害を引き起こす可能性を持つ因子です。HACCPで重点的に監視すべき食品安全ハザードは、大きく分けると生物的・科学的・物理的の3種類が存在します。食品に含まれる食中毒細菌・ウィルス・帰省中などによるハザードは生物的ハザードに分類が行われるものです。HACCPは異物混入だけでなく食中毒のリスクをゼロに導くための取り組みであり、代表的な食中毒細菌にはサルモネラ・腸炎ビブリオ・腸管出血性大腸菌のO157・黄色ブドウ球菌・ボツリヌス菌・セレウス菌・ウェルシュ菌・カンピロバクターなど、様々なものが存在しています。
最近ニュースでも取り上げられているアニサキスは寄生虫の一つであり、群魚介を使う場合には注意しなければならない部分です。食品中に含まれる化学物質は、疾病や麻痺もしくは慢性毒性の健康被害への可能性がある物質で化学的ハザードに分類されるものです。フグ毒・貝毒・キノコなどの毒、サバやイワシなど特定の魚に見られるヒスタミンやアレルギー物質が代表的です。食品添加物についても、食品衛生法に定められてる適切な使用条件が守られないもの化学的ハザードになります。
物理的ハザードは、本来その食品に含まれるはずがない物質や喫食するとき不都合な形状のもの、不快な物質などが対象です。