HACCPは第三機関に認証審査を依頼して、これに合格するとHACCP認証が条件になっている会社との取引や条件に設定している国に対して食品の輸出が認められるなどのメリットに繋げることができます。認証を通じて、原材料から食品メーカーや運搬業者・製品を販売しているスーパーマーケットや飲食店などフードチェーン全体でのコミュニケーションが円滑に行えるようになるので、消費者に対して安心を与える効果も期待できるようになります。なお、HACCP認証を受けるためにはある程度の期間や費用が必要になりますが、認証を得ると様々なメリットが活かされるようになるわけですから、時間やお金が掛かるといってもメリットを考えると決して損するものではない、このようなことを理解できます。ちなみに、第三者機関にもよるけれども審査に携わるスタッフは3年から6年程度が固定となり、それぞれの会社の仕組みを理解した審査員で構成されることになるので継続的な改善にも役立てることが可能です。
HACCP認証を取得するためには、最初に社内でHACCPチームを編成したり、原材料の受け入れから出荷までの製造工程の一覧図でもあるフローダイヤグラムの作成、ハザード分析や重要管理点（CCP）の決定などのプランを作成することから始めます。これに加えて、認証審査の準備として審査機関に対しての相談や申し込みなども併せて行うことになります。構築を行ったプランを運用して審査を受けるためには、約３か月以上の運用期間が必要とされます。